2006年,陳水扁因“國務機要費案”被指貪污,從而引發臺灣七千多名政務首長因特別費支出而被調查和起訴。時任臺北市長的馬英九,也被檢舉“將首長特別費挪至私用”,并遭到檢察官侯寬仁以“貪污罪”起訴。雖然馬英九在此案中純屬“躺槍”,但這讓一向以清廉形象著稱的馬英九“情何以堪”,憤而辭去黨主席,并在記者會表明“清白要用生命維護,正義要用行動證明”,宣布參選2008年的臺灣“大選”。而當時各項民調顯示,他的聲望不降反升。