為推動兩岸農業合作，發揮大陸不同地區農業資源優勢與臺商資金、技術與管理優勢，1997年起，國務院臺灣事務辦公室、農業部與外經貿部（現商務部）先后聯合批準在福建省（福州市、漳州市）、海南省、山東省平度市、黑龍江省……多個縣市與陜西楊凌等建立了9個“海峽兩岸農業合作試驗區”，開創了兩岸農業合作的新模式。
福建省海峽兩岸農業合作試驗區是1997年由國家批準的第一個以促進海峽兩岸農業經貿發展、擴大農業合作的試驗區，也是成效比較好的試驗區。此前，該試驗區包括了福州與漳州兩個試驗區，也是目前成效最好的試驗區之一。福州試驗區以發展優質高效農業為重點，即發展水果、蔬菜、花卉、糧食、食用菌、畜禽、水產、林竹等8大產業，建立了亞熱帶優質高效農業合作區、山地綜合農業合作區、沿海漁業合作區、城鄉觀光農業合作區、海島綜合開發合作區與綠色食品生產合作區等6個合作基地。福州試驗區在啟動福清、閩侯、浪岐3個示范區的基礎上，2001年又新批準羅源、連江與晉安3個示范區。
漳州實驗區以發展外向型農業為重點，主要包括發展糧食、水果、花卉、畜牧、林竹、食用菌、蔬菜與水產8大類產業，先后建立了農產良種引進隔離區、長橋農業園藝科技合作園區、南溪流域耕地綜合開發合作區、東山灣水產養殖合作區、東山水產品加工貿易合作區及云洞巖、三平觀光休閑農業合作區等8個合作試驗區。
2005年7月，國務院臺灣事務辦公室、商務部、農業部批準福建將該試驗區擴大至全省范圍，設立海峽兩岸（福建）農業合作試驗區。
2006年6月，福建省委、省政府正式印發《鼓勵和支持海峽兩岸（福建）農業合作試驗區建設的暫行規定》。同年7月，福建省正式出臺《海峽兩岸(福建)農業合作試驗區發展規劃》。
1.福建福州海峽兩岸農業合作試驗區
福建福州海峽兩岸農業合作試驗區于1997年7月經國務院臺灣事務辦公室、商務部（原外經貿部）、農業部批準正式成立。
福州地處閩江下游，背山臨海，耕地肥沃，河網密布，林木茂盛。福州海域遼闊，海岸線長達1137公里，占全省三分之一，水質良好，是祖國大陸重點漁區之一。福州海峽兩岸農業合作試驗區以優高農業為重點，包括水產、蔬菜、水果、食用菌、畜禽、花卉、林竹七大產業，建設六個區（南亞熱帶“優高”農業合作區、山區綜合農業合作試驗區、城郊農業觀光合作區、沿海漁區合作區、海島綜合開發合作區、綠色食品生產合作區）和一個加工營銷信息中心。
福州海峽兩岸農業合作試驗區成立以來，當地各級政府和實驗區管理機構積極采取各種措施，在審批辦證、通關驗收、投資領域、投資形式、用地方式、產業扶持、稅收減免等方面為投資試驗區的臺商提供法律保障和優惠政策，建立完善項目基建聯合審批，聯合年檢、口岸聯檢、統一收費、統一受理投訴、重大項目領導聯系服務、“一條龍服務”、“中國電子口岸”等規范化服務制度，為臺胞提供良好的投資環境和社會服務體系，促進閩臺農業交流與合作的不斷發展。
截止2004年11月，試驗區累計引進臺資農業合作項目382項，合同利用臺資3.76億美金，實際到資2.8億美金。
福州海峽兩岸農業合作試驗區將一如既往地為臺灣同胞提供創業的樂園和優質的服務。
2.福建漳州海峽兩岸農業合作試驗區
福建漳州海峽兩岸農業合作試驗區于1997年7月經國務院臺灣事務辦公室、商務部（原外經貿部）、農業部批準正式成立。
漳州地處閩南金三角，是祖國大陸首批14個沿海開放城市之一，也是臺灣同胞的重要祖籍地。漳州海峽兩岸農業合作試驗區以外向型農業為重點，包括糧、果、菜、菌、花卉、水產、畜禽、林竹八大產業，設立2828工程，即建設兩個中心（農業科技交流中心、閩臺農產品集散中心），八個合作區（農業良種引進下蔡隔離區、長橋農業科技園區、南溪流域農業綜合開發合作區、東山灣水產養殖合作區、薌江流域山地綜合開發合作區、角美農產品加工合作區、東山水產品工貿合作區、云洞巖－三坪觀光休閑農業合作區）以及包括臺資農業企業和漳州市農業龍頭企業在內的二十八個重點企業帶動項目。
漳州海峽兩岸農業合作試驗區設立以來，漳州市政府和試驗區管理機構對臺商投資提出了“優先審批、優先融資、優先驗放、優先辦證照；放寬投資領域、放寬投資形式、放寬經營方式、放寬用地方式”的“四個優先、四個放寬”優惠政策，為漳臺農業交流與合作營造良好的投資環境和服務氛圍。漳臺兩地農業合作形成了由點到面、由單項零星向產業整體配套、由沿海向內陸山區梯度推進的全面發展態勢，漳州已成為祖國大陸地市一級利用農業臺資最多的城市和臺商投資農業的密集區。
截止2004年11月，試驗區累計引進881項合作項目，合同利用臺資13.7億美金，實際到資6.6億美金。
漳州海峽兩岸農業合作試驗區將進一步優化投資環境，推進“一站式”、“一條龍”便捷服務，竭誠歡迎廣大臺灣同胞到實驗區投資興業。
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