1993年，海協會和海基會經反復協商后達成關于遣返劫機犯問題“去政治化”處理的共識，先后于1997年5月、1997年7月、1999年2月和2001年6月分四批遣返劫機犯，長期危害兩岸航空安全的劫機犯罪終于得到遏制。2001年，兩岸警方經由澳門遣返臺灣通緝犯“四海幫主”楊光南，突破了《金門協議》所設定的“廈門—金門”和“馬尾—馬祖”海上遣返模式的限制。2006年兩岸警方聯手搗毀了“鐘萬億特大販毒集團”，這一過程中就包含了兩岸在互通犯罪情報上的合作。

　　但是，建立在《金門協議》基礎上的兩岸刑事司法合作的局限性也十分明顯。一是合作范圍狹窄，隨意性較大，兩岸合作的主要方式為人員遣返。除非涉及重大嫌犯，兩岸很少主動進行個案協查和聯手偵破。經濟類犯罪既便偵破，也難以追回罪贓。二是合作方式相對單一，大量司法互助通過民間中介組織來進行，影響司法效率。一些涉兩岸團伙犯罪往往利用兩岸管轄權分立、兩岸聯手偵破的時間延滯和上下游犯罪分離等條件和手段來逃避偵查和打擊，氣焰十分囂張。隨著兩岸經貿合作和人員往來的日益密切，兩岸迫切需要進一步擴大和深化刑事司法合作。正是在這樣的歷史背景下，兩岸于2009年簽署了具有歷史意義的《司法互助協議》。

　　在合作打擊的犯罪類型上，《司法互助協議》規定雙方不僅就殺人、搶劫、綁架、走私、槍械、毒品、詐騙、洗錢、人口販運、組織偷渡、跨境有組織犯罪、恐怖主義犯罪等傳統犯罪領域開展司法互助，還突破“雙重歸罪原則”的限制，對一方認為涉嫌犯罪，另一方認為未涉嫌犯罪但有重大社會危害的情形，規定可以經雙方同意后開展個案協助。