兩岸關系的曲折發展貫穿了整個李登輝時代，彼時的陸委會并不像后來那樣由諳熟兩岸事務的政務官坐鎮，每一位陸委會主委都是有資歷、有輩分的政壇大佬。其中既有蕭萬長、蘇起這樣到了馬英九時代仍能呼風喚雨的人物，也有黃昆輝這樣后來成了“深綠”中堅的另類。不過，最令人感興趣的恐怕還是隱身幕后、時任陸委會特任副主委馬英九。其實，從那時開始，馬英九就開始參與國民黨兩岸決策。作為“大陸工作會報”的執行秘書，馬英九直接催生了陸委會這個臺當局的兩岸關系“起搏器”。

　　陳水扁時期———

　　蔡英文嶄露頭角 “一張白紙”逐漸染“綠”

　　陳水扁主政8年，陸委會主委一職相對穩定。從蔡英文到吳釗燮再到陳明通，從中可看出扁在兩岸關系領域“獨”性日益堅強的脈絡。在蔡英文任內，兩岸交流層面尚有春節包機、“小三通”等積極進展；而到吳釗燮上任后，臺當局開始違背“四不一沒有”承諾并不斷“切香腸”，導致“終統”等危險動作；而到了陳水扁執政末期，接替吳釗燮的陳明通，干脆直接拋出“中華民國第二共和憲法”草案這樣的“法理臺獨”主張。

　　簡單說，扁時代的陸委會主委，很難擺脫陳水扁兩岸政策“應聲蟲”的角色。在兩岸關系緊繃的局面下，陸委會主委所能發揮的作用也十分有限。不過值得一提的是，蔡英文正是此階段開始了“綠化”過程。2004年卸任陸委會主委之后，蔡英文很快選擇加入民進黨，從此踏上“璀璨”政途。