在上海參加完雙城論壇返臺后，臺北市長柯文哲成為綠營萬箭齊發的“臺上靶”，各種“失格”“討好中國”“淪為大陸棋子”的指責聲不斷。對此，有島內輿論稱，兩岸關系是臺灣各大政黨“繞不過的坎”，綠營現在更應思考的是如何助蔡英文“打破僵局”，而不是自亂陣腳。

　　在臺灣人印象中，親綠的《自由時報》以往是“遇綠必捧、遇柯必拍(馬屁)”，但這次柯文哲結束上海之行后，《自由時報》20日卻大版面刊登綠營人士對柯的質疑，各種指責猶如一發發子彈直射柯文哲。報道稱，民進黨臺北市議員簡舒培表示，大陸企圖利用柯“左右民進黨”，柯也想有所突破，于是“配合演出”，重提“兩岸一家親”，但這并非所有臺灣人都可接受;柯僅是臺北市長，不應有這種言論，否則不免讓人憂心淪為大陸利用、控制的棋子。另一名民進黨臺北市議員許淑華更宣稱，從大陸不準自費議員參加論壇起，臺北市政府就“矮人一截”，柯卻為建立自己的政治平臺，“一再退讓、討好中國”，出訪并沒有達到舉辦雙城論壇的目的，“以后干脆不要辦了”。臺南市長賴清德也認為，柯在對岸講“兩岸一家親”，前提是大陸應撤除對準臺灣的導彈，否則實在很難引起臺灣社會共鳴。臺灣今日新聞網報道稱，有意思的是，正是這些批柯的市議員，在柯文哲行前“爭相要隨行”，現在卻反戈一擊，令人感嘆世事變化快，也恰恰反映出民進黨人長久以來對大陸的矛盾心情。

　　面對綠營批評，柯文哲回應說，他在大陸有關講話和在臺灣講的一樣;從政后一直秉持“心存善念、盡力而為”，這也是自己一貫的價值信念，會繼續做下去，不覺得有什么失言。民進黨主席蔡英文20日表態稱，對兩岸城市交流樂觀其成。但城市交流不要有什么政治前提、政治問題，才能讓城市交流增進相互了解的用意。

　　有島內分析稱，民進黨否認“九二共識”，而柯文哲赴大陸前公開聲明理解“九二共識”的存在，其政策走向與綠營的“臺獨”方向出現實際差異，這是民進黨等綠營絕對無法接受的“內部挑戰”，因此，柯文哲返臺后少不了挨綠營的批評。臺灣《聯合報》20日評論稱，柯的登陸無疑已建立未來兩岸新形勢下的城市交流典范，民進黨內有人表達肯定，也有人不以為然，民進黨內勢必掀起新一波兩岸論戰。從大陸統戰角度來看，讓柯帶動民進黨轉型，甚至裂解民進黨是最高戰略。