檢察官在行使偵查職權時，監聽是一種常見的偵查行為。根據臺灣地區“通訊保障及監察法”第5條規定，有事實足認被告或犯罪嫌疑人有法律列舉的重罪嫌疑，并危害國家安全或社會秩序情節重大，而有相當理由可信其通訊內容與本案有關，且不能或難以其他方法搜集或調查證據的，可申請相關法院核發通訊監察書。
檢察官申請核發通訊監察書時，應備申請書，載明法定事項，并敘明理由、檢附相關文件及有關釋明資料，法院僅為形式審核，而不作實質審查，即予核發。對于監聽的具體執行方法，相關法律法規也作出了明確的界定。
因關說行為隱蔽，難以偵查，監聽便成為檢察官容易采取的偵查手段。在柯建銘案中，因其助理使用過“0972”門號電話與相對人通話，特偵組監聽“0972”門號電話時，已取得了法官的監聽票，從程序上看是合法的。
因此，臺“法務部”監聽調查小組調查報告針對特偵組監聽立法院0972總機電話，認定是監聽失誤而不是監聽“立法院”，申請監聽的程序并沒有違法。
對于監聽所得數據，依“通訊保障及監察法”第18條的規定，除法律另有規定外，不得提供給其他機關、團體或個人。因此，特偵組召開新聞發布會公布監聽電文，受到王金平指責。另外，偵查不公開也是檢察官辦案的基本準則，不過，“偵查不公開作業辦法”也有例外規定。
黃世銘、特偵組主張，向馬英九報告是依據“法務部”2008年頒定的“檢察機關辦理刑事訴訟案件應行事項”，當檢察官偵查刑事案件時，發現有違反行政規定情節時，宜函知行政主管機關，本于權責依法處理，所以向馬英九報告并無不法。這一辯解也引起各界爭議。
