特偵組設置于“最高法院檢察署”之中，由“檢察總長”指揮，配置6名以上15名以下的檢察官，并由“檢察總長”指定其中一名檢察官為主任。臺灣地區的檢察制度中，各級法院配置檢察署，各檢察署的檢察官限于在各所屬法院行使職權。特偵組辦案不受轄區的限制，可以在全臺灣辦案，可以行使各審級檢察官的職權，亦即一、二、三審級檢察官所能執行的職權都能執行。

　　根據職能的劃分，臺灣地區的檢察官通常分為偵查檢察官和公訴檢察官，前者專責偵查和起訴，后者則專責蒞庭。特偵組檢察官可行使各種職能，如實施偵查、提起公訴、實行公訴、指揮刑事裁判之執行，對所偵辦的案件直接可以用特偵組的名義提起公訴，且直接由特偵組檢察官到法庭出席辯論。

　　特偵組位高權重，又具有高度政治特性，為防止特偵組辦案濫權，臺“法院組織法”又特別規定：特偵組偵辦的第一、第二種案件，在偵查終結后，“立法院”可以決議要求“檢察總長”到“立法院”報告并接受質詢。因此，關說風波之后，黃世銘被多次要求到“立法院”接受質詢。