民進黨中央宣布李俊毅為臺南縣長參選人的決定，在黨內引起了不同的反應。2日上午，黨中央召開記者會，說明民進黨臺南縣長候選人只有一個，其他人如果要用各種理由參選，只會造成黨的分裂。

　　針對有人質疑黨主席蔡英文是"派系提名"，民進黨文宣部主任鄭文燦不客氣地回應，如果有人硬要把提名過程抹黑成派系操作，是不負責任且不必要的攻訐。鄭文燦提醒陳唐山，不能因為不滿意提名結果，就要分裂、出走，這不是支持者希望看到的。

　　對于提名李俊毅為臺南縣長參選人，民進黨前主席謝長廷1日下午在自己主持的廣播節目里說，他非常肯定黨主席蔡英文的做法。

　　民進黨前主席 謝長廷：大家都說(蔡英文)不夠強硬、要有魄力，蔡英文主席經過中執會決定宣布(提名李俊毅)，她就是要走出自己的路嘛。

　　不過，陳唐山卻聲稱，這項提名違背了民意，會導致民進黨分裂，他還說，他一定要參選到底。

　　部分民進黨人士也表態支持陳唐山，說如果臺南縣出現李俊毅、陳唐山兩組人馬自相殘殺，導致最后輸給國民黨的話，黨主席蔡英文要負全部責任。

　　民進黨人士 王幸男：(分裂)民進黨就絕對會輸掉，不是你說要負責任就可以負得起，就像去故宮玩，把翠玉白菜弄掉地上，你說你要負責，你賠得起嗎？

　　民進黨人士 黃慶林：跟陳水扁切割的人，絕對不會當選。如果臺南縣失守，蔡主席一定要下臺。

　　據報道，民進黨內屬于陳水扁派系、游錫堃派系以及一些"獨"派的人士正在積極串聯，試圖通過召開全體黨員代表大會來推翻對李俊毅的提名。

　　民進黨曾經在2008年7月召開黨代表大會，授權黨主席蔡英文有提名縣市長、縣市議員及鄉鎮市長參選人的最后決定權。