據臺灣《聯合報》報道，馬英九兼任國民黨主席后，首先面對的將是棘手的黨產難題。

　　報道稱，國民黨主席吳伯雄曾計劃去年年底完成“黨產歸零”的任務，但因全球金融風暴沖擊以及多起黨產官司糾纏，現在“黨產歸零”的目標已經推到2011年完成，時間點恰巧是2012年臺灣地區領導人選舉前。

　　媒體分析說，未來馬英九擔任黨主席任內，勢必要處置龐大黨產，是否涉及利益和角色沖突，將成為各界關注焦點。據統計，目前國民黨黨產全都歸在“中投”公司名下，總市值至少有200億元新臺幣。