臺灣《經濟日報》12日社論指出：臺當局“交通部”高鐵財務改革方案在“立法院”遭到否決之后，旋即讓臺當局損失了一位重要成員，臺當局“交通部長”宣布請辭。臺當局新“行政院長”毛治國運作伊始，即遭遇此項重大挫折，不僅嚴重打擊臺當局威信，也令人對其往后之決策產生疑慮；特別是在“立法院”交通委員會的黨團大會表決中，竟然是以18票對0票否決了傳統上必然會全力相挺的國民黨重大政策，十足反映了國民黨主政下的當局運作產生了嚴重問題，必須正視并設法解決。

　　“立法院”否決隔日，“行政院政務委員”杜紫軍召集“交通部”、“財政部”和所屬八大行庫開會討論后續處理及接管事宜，顯示出“政院”的積極態度。然而，令人懷疑的是，在“交通部”向”立院“提出此項重大改革方案之前，“政院”是否曾經和“交通部”研商，而能完全理解其改革已成為”唯一且最佳“之方案下，支持并愿意為其全力背書，讓外界在事前即充分理解，并動員國民黨“立院”成員支持，而非事后再來全力收拾善后。

　　“行政院”可能認為，在現行體制下應該尊重各部會之權責；除非是跨部會之事務，不宜由某一部會獨力負責者，才適合由“政院”出面統籌協調。但是，“政院”必須了解，目前的臺當局部會領導人變化迅速，經常一年半載又是“新官上任”，遭遇到的挑戰經常太多太快，新任首長不可能樣樣精通、事事嫻熟，若無常態性的機制來加以協助或督導，極可能新官上任還沒有帶來新氣象，就被不熟悉的挑戰壓垮而陣亡，或者有些重大的業務推動模式因為屬下怠惰、首長專業有限而長年廢弛，待問題惡化甚至爆發嚴重事端之后，“政院”再出面解決皆已事倍功半，并打擊臺當局威信和人民信賴。

　　比如臺灣高鐵財務問題屬于上述之前者，“第三方支付”問題即屬于上述之后者。“第三方支付”問題在相關單位拖延怠惰多年，嚴重影響臺灣電子商務產業之發展；待大陸電子商務以驚人之姿掠奪臺灣版圖之下，“行政院”才出面協調相關部會面對，迄今仍未“立法”解決。本案相關部會多年來行政怠惰嚴重，然其“政治責任”早已無人、也無法承擔。

　　豈止是上述兩案而已，再舉一例：臺灣亟欲和外國簽署自由貿易協定（FTA）；然而，要簽署自由貿易協定前須了解臺灣和對手國貿易狀況來分析產業優劣競爭態勢，但迄今為止臺灣僅有“貨物貿易統計”，缺乏“服務貿易統計”，在研究對手國彼此之服務貿易開放策略時，根本無統計數據可進行分析。這是一個現代化經濟體難以想像的狀況，但臺灣行政部門卻怠惰多年，“行政院”也不當一回事。

　　許多外界的重要意見屢屢經由輿論之披露，讓主管部會有機會見識學習；但臺當局官員每每因循舊例或習于體承上意，不愿意排除低效方案以建立創意新案。例如，媒體曾建議由“需求面”著手，增加新創企業之存活機會，帶動產業發展，此一深具創意之構想，迄今未能獲得主管部會采納，主管官員仍習于循舊例辦理，而怠于提出創新創意的產業發展方案。

　　“行政院”對于上述狀況“坐而不視”的原因，可能在于其編制有限難以兼顧。然而，在相關政務委員之下，抽調數位相關部會人員擔任其研究分析幕僚、增列若干研究經費，即可顯著強化其掌握各部會負責業務的能量，不會像目前對于任何重大事務，即使關心也因缺乏研析而無能為力，甚至只能在事后進行善后。 另一個可能的途徑，是將監理部會的責任委由“國家發展委員會”負責；由于臺灣“國發會”目前吸納了“研究發展考核委員會”，可以強化其能量及功能到全面掌握各部會的職掌范圍。

　　在“立法院”效能不彰，各黨團自主權力高張之下，各部會在“修法”上怠忽職守的現象更甚以往，“行政院”不能讓類似“第三方支付”或“高鐵財改”的災害繼續發生。