2006年上半年,海峽兩岸航空運輸交流委員會與臺北市航空運輸商業同業公會達成共識并做出框架性安排,將春節包機擴大到節日包機。
2005年,兩岸航空公司首次共同參與春節包機,航班實現雙向對飛,不必降落港澳但須繞經香港飛行情報區。
2003年春節期間,為便利臺商返鄉過年,大陸方面批準臺灣6家航空公司共16架次包機,從臺北、高雄經停港澳至上海往返接送臺商。這是50多年來臺灣航空公司的飛機首次循正常途徑停降大陸機場。
2001年初,金門、馬祖與福建沿海地區的海上客、貨運航線開通。
1999年12月,國務院制定《臺灣同胞投資保護法實施細則》。
1998年3月,兩岸定期集裝箱班輪航線開通,運輸兩岸貨物的船舶經第三地換單不換船航行兩岸港口。
1997年4月,福州、廈門和高雄間的海上試點直航開始運行。
1996年,中國電信與臺灣“中華電信”建立兩岸直接電信業務關系。