2001年1月
金門、馬祖客船首次直航廈門、福州馬尾港，實現海上客貨直航。
1月28日，福州馬尾經濟文化合作中心代表與馬祖地區代表在福州簽署了《福州馬尾-- 馬祖關于加強民間交流與合作的協議》。
臺灣當局開放金門、馬祖與福建沿海“小三通”。
2001年2月
2月6日， 廈門“鼓浪嶼”號客船載著75名居住在廈門的金門籍同胞，從廈門首次直航金門探親。
臺灣銀行金門分行由原簡易外匯銀行分行升為功能齊全的外匯指定銀行，自3月1日起辦理各項海外匯款業務。
2001年3月
廈門市兩岸交流協會代表與金門地區兩岸關系交流協會代表簽署了《關于加強廈門與金門民間交流交往合作協議》。
2001年7月
福建省組織了晉江市50家知名企業、2000多件產品首次赴金門舉辦“晉江市名優特產品金門展銷會”，這是祖國大陸產品首次在臺灣地區展銷。
福州馬尾經濟交流合作中心組團赴馬祖考察，這是福建船舶首次直航馬祖。
臺灣召開“經發會”，在兩岸“三通”方面達成如下共識：
(1)配合加入WTO進程，開放兩岸直接貿易及兩岸直接通郵、通訊等業務。
(2)整體規劃兩岸“通航”事宜，并通過兩岸協商予以落實推動。
(3)擴大“境外航運中心”功能及范圍，開放貨品通關入境。
(4)積極評估建立“經貿特區”。此后，臺灣當局以“積極開放、有效管理”取代“戒急用忍”政策。
2001年11月1日
海南三亞飛行責任區改由大陸空中交通管制部門負責，臺灣5家航空公司的飛機飛行東南亞國家的航班均使用該航路，大陸航管部門為臺灣航空公司提供了安全、優質、高效的空中交通服務。
臺灣當局開放銀行赴大陸設立代表處。
2001年11月
兩岸先后加入世界貿易組織(WTO)。
臺灣擴大“境外航運中心”功能，允許大陸貨物進入出口加工區、工業園區、科技園區、保稅區加工后再出口。
2002年1月
臺灣當局開放兩岸直接貿易，允許雙方直接簽訂貿易合同，臺商可直接到大陸投資，開放臺灣的外匯業務銀行與大陸銀行間辦理通匯業務。
2002年2月
民航總局與臺灣中華飛航管制員協會達成協議，相互交換航行通告和航空氣象情報。
2002年5月
臺灣的“金航二號”直航福州馬尾港接運2300噸自來水運抵馬祖。
2002年6月
國務院臺灣事務辦公室主任陳云林在會見臺灣政商界“三通”參訪團時指出，“三通”不能實現，受影響最大的是臺商，對臺灣經濟發展也是不利的，同時還造成臺灣民眾每年無謂的經費、精力和時間的浪費。這種狀況不應該再延續下去了。當前，只要把“三通”看作是一個國家內部的事務，就可以通過民間對民間、行業對行業、公司對公司進行協商的辦法，盡快通起來。
2002年7月
澎湖257名信眾乘臺灣“超級星”號客船首次直航福建的泉州港。
2002年8月
臺灣當局開放大陸資本投資臺灣的不動產。
2002年11月
江澤民同志在黨的十六大報告中指出：“實現兩岸直接通郵、通航、通商，是兩岸同胞的共同利益所在，完全應該采取實際步驟積極推進，開創兩岸經濟合作的新局面”。
2003年1月24日
錢其琛副總理在紀念江澤民主席發表《為促進祖國統一大業的完成而繼續奮斗》講話八周年座談會上指示，盡早實現兩岸直接“三通”，是大勢所趨，人心所向，也是當務之急。“三通”作為經濟性事務，理應以兩岸同胞的切身利益和實際需要為優先，而不應受到任何政治因素的干擾和影響。以民為本、為民謀利，應當是解決“三通”問題的立足點和出發點。“三通”是兩岸之間的事，是經濟問題，“三通”商談不是政治談判，可以不涉及一個中國的政治含義。為早日通起來，協商方式可以盡量靈活，解決辦法應當簡單易行。在兩岸的民間行業組織就“三通”的技術性、業務性問題達成共識后，由各方自行取得確認，就可以通起來。
2003年1月26日至2月10日
近4000位臺商及眷屬從福建省廈門、福州分別乘客船至金門、馬祖，轉乘飛機返臺灣本島過春節。
大陸方面對臺商春節包機和經金門、馬祖返鄉過年給予大力協助，周到服務和妥善安排。
臺灣中華航空公司的飛機經停香港飛抵上海接運臺商返鄉過春節。臺灣共六家航空公司的飛機先后經港澳機場飛抵上海，飛行16班、32架次，往返運送2478位臺商及眷屬。這是臺灣民航飛機首次以正常方式航行大陸。
2003年3月20日
國務院臺灣事務辦公室和民政部聯合頒布《臺灣同胞投資企業協會管理暫行辦法》。
美國向伊拉克開戰，祖國大陸允許臺灣航空公司的飛機飛越祖國大陸空域。
3月27日，臺灣中華航空公司的飛機飛越祖國大陸上空抵達歐洲國家。
2003年5月21日
中國民用航空協會海峽兩岸航空運輸交流委員會副理事長浦照洲表示，我們主張，應本著“直接雙向、互惠互利、利益共享”的原則，推動兩岸貨運包機業務。希望貨運包機比春節臺商包機更進一步，不必舍近求遠經停第三地，兩岸的航空業都能公平參與。
SARS疫情使港臺和澳臺客運航班減少，直接影響到兩岸航空貨物運輸。5月6日，國民黨“立委”章孝嚴推動“兩岸貨運包機直飛”提案，獲朝野129名“立委”聯署支持。臺“陸委會”進行政策評估，5月內將做出決定。
2003年8月13日
陳水扁提出“一個目標、三個階段”的兩岸直航時間表。一個目標是建立兩岸和平穩定的互動架構；三個階段是兩岸貨運便捷階段、明年“大選”后為協商階段、實現階段則在明年底。
2003年8月15日
臺灣“行政院”公布《兩岸直航之影響評估》，這份報告全文兩萬余字，64頁，分為六章，包括直航與“三通”的關系、經濟影響評估、安全評估、技術面評估、必須考量的關鍵問題，及應有的方向與準備工作等。提出了三個條件和四項原則。
2003年9月8日
廈門航空港貨站開始運營，該項目是兩岸民航業首次合資項目，總投資兩億兩千多萬元人民幣，總建筑面積三萬平方米，一年可吞吐貨物十五萬噸以上。
2003年9月
中國民用航空協會常務理事浦照洲15日針對臺灣當局公布的“兩岸間接貨運包機”發表談話，無論是定期航班還是不定期包機運輸，均應本著一個國家內部事務，直接雙向、互惠互利的原則處理相關事務。
臺灣“陸委會”宣布“兩岸間接貨運包機”政策，開放臺方航空業者以“單向、中停港澳往返上海”的方式，進行兩岸貨物運輸。這項措施辦理期間為期一年，臺“交通部”、“民航局”自9月25日起受理業者申請，準備每天一架全貨機。
2003年10月8日
中央電視臺國際頻道播出《兩岸三通》六集電視證論片，包括“三通”由來、通郵通電、通商、海上通航、空中通航、結論等內容，全方位、多視角、歷史性地展現了兩岸“三通”的全貌。
臺灣“立法院”對“兩岸人民關系條例”部分條款進行修改，即建立協商復委托機制，直航許可及管理辦法須在一年半內擬定。
2003年11月
國務院臺辦新聞發言人和民航總局臺辦負責人針對明年臺商春節包機分別發表談話表示，兩岸空中通航應該在直接雙向、互惠互利的基礎上進行，但是臺灣方面仍堅持經停港澳，只允許臺灣的飛機飛大陸，不允許大陸的飛機飛臺灣，這樣就沒有互惠互利可言，與我們一貫原則相違背。但考慮到春節是中國人傳統的節日，臺商希望回家過年，若臺灣當局作出下一次可以對飛的承諾，祖國大陸方面可允許臺灣的航空公司以單方面不經停第三地的方式飛行2004年春節包機，從臺北、高雄至北京、上海、廣州、廈門，并歡迎兩岸的航空業者就技術等問題進行協商。
臺“陸委會”、“交通部”公布明年春節大陸臺商返鄉專案的相關規定，兩岸間接包機與“小三通”適用對象擴大到“經濟部”核準大陸投資之臺商；間接包機大陸降落點將增加北京，中停點則在港澳之外也增加韓國濟洲島和馬尼拉等第三地，且同意在兩岸協商后，讓大陸航機參與經營春節間接包機，執行時間為明年一月九日至二月二日。由海基會與海協進行協商。
2003年12月17日
國務院臺灣事務辦公室發布《以民為本，為民謀利，積極務實推進兩岸“三通”》的政策說明書。全文約9500字，除前言及結束語外共有四部分：（1）兩岸“三通”現狀及面臨的問題。（2）實現“三通”符合兩岸同胞切身利益，是兩岸實現互利雙贏的根本途徑。（3）大陸方面關于兩岸“三通”的基本立場和政策主張。（4）兩岸“三通”若干問題的說明。
商務部臺港澳司負責人提出，兩岸間有非常明顯的經濟互補性，我們曾經明確提出建立兩岸經濟合作機制的倡議，現在我們非常歡迎兩岸之間建立更緊密的經貿關系安排進行協商，當前最緊迫的問題是實現兩岸直接“三通”，這是建立兩岸CEPA關系的前提條件。
2004年1月5日
中國民用航空協會致各地臺灣同胞投資企業協會會長的公開信。信中對春節臺商包機的雙向對飛、不經停第三地，以及協商機制等問題加以說明，指出臺灣當局在春節包機問題上所設置的種種障礙。盡管如此，大陸民航和交通部門采取多項措施，滿足在大陸的臺胞回臺灣過年的需求。
2004年1月19日
國務委員唐家璇在江澤民同志對臺重要講話發表九周年座談會上的講話中指出，我們希望盡快實現兩岸全面、直接、雙向“三通”，開創兩岸經濟合作的新局面，造福兩岸同胞。早日實現兩岸全面、直接、雙向“三通”，將大大提高兩岸經濟的競爭力，加快共同發展，促進兩岸經濟的全面提升和振興。這是以民為本、為民謀利、互利雙贏的大好事，不應受到任何人的拖延和阻攔。
2004年3月1日
臺“行政院”擴大“小三通”十項措施：（1）同意以項目審查方式，準許自大陸進口砂石，可經福澳港查驗后，原船運抵東引中柱港、西犬表帆港及東犬猛澳港。（2）規劃開辦金馬中轉旅客行李直掛業務。（3）在總量管制及建立管控機制下，輸入小額小量大陸農、漁產品免稅及簡化通關、檢疫程序。（3）放寬華僑于重要節日，得以團進團出方式項目申請許可由大陸地區入出金門、馬祖。（5）鼓勵臺商子弟返回金門、馬祖接受基礎教育。（6）臺灣地區民眾經申請許可，由金門、馬祖入出大陸地區者，查驗證件將調整以“護照”代替“金馬入出證”。（7）適度開放人員中轉。擴大開放對象包括大陸各地臺商、福建籍老兵及眷屬以及相關商務人員。（8）建立大陸人民來金馬觀光旅游審查及管理的完整配套。（9）金門水頭港及馬祖福澳港，得依“免稅商店設置管理辦法”規定，向海關申請登記為“免稅商店”等各項措施。（10）放寬澎湖的大陸配偶，納入得由金、馬入出大陸地區的適用范圍。另放寬大陸配偶得由金門、馬祖進入大陸地區，經申請定居取得“臺灣地區居民身份”者，仍得經金、馬入出大陸地區，其臺灣地區配偶或子女亦得同行。
2004年4月1日
福州市、廈門市公安部門開始辦理五年期的《臺灣居民往來大陸通行證》。
2004年5月
臺灣當局開放“兩岸海運便捷化”，即允許國際班輪在同一航次直接掛靠兩岸港口。8月對“境外航運中心設置作業辦法”部分條文修正加以說明，指定基隆港和臺中港（不得與福建港口通航）為“境外航運中心”，可載運大陸與第三地的進出口貨物，經指定的外籍船舶能航行。
2004年12月7日
首批大陸旅游團55人從廈門乘“同安號”客輪直航金門，在金門度過3天2夜。這是大陸居民第一次以“游客”的身份乘船直航金門。
2005年1月
海峽兩岸航空運輸交流委員會副理事長浦照洲等，與臺北市航空運輸商業同業公會理事長樂大信等，在澳門就2005年臺商春節包機相關技術性、業務性問題進行了溝通并達成共識。雙方商定：2005年春節包機采取雙方對飛，飛經香港不落地的方式，包機時間自1月29日至2月20日；航點為北京、上海、廣州、臺北、高雄，兩岸各6家航空公司共同參與，雙方各24個往返航班。由于臺方限制，乘客是臺商及家屬。
2005年1月29日至2月20日
2005年臺商春節包機，祖國大陸的民航飛機56年首次直航臺灣。海峽兩岸12家航空公司共執行了48個往返班次，運送旅客10773人。其中，大陸6家航空公司運送旅客5224人，臺灣6家航空公司運送旅客5549人。2005年臺商春節包機安全、順利、圓滿落幕。
2005年3月14日
溫家寶總理在十屆全國人大三次會議記者招待會上表示：只要是對臺灣同胞有利的事情，我們都會去做。第一，要盡快將海峽兩岸的客運包機由“節日化”轉向常態化。第二，要采取措施，解決臺灣特別是臺灣中南部地區農產品到大陸的銷售問題。第三，要盡快恢復和解決大陸漁工到臺灣勞務合作的問題。
2005年4月29日
中國共產黨總書記胡錦濤與中國國民黨主席連戰會談新聞公報指出：兩黨共同促進兩岸經濟全面交流，建立兩岸經濟合作機制。促進兩岸開展全面的經濟合作，建立密切的經貿合作關系，包括全面、直接、雙向“三通”，開放海空直航，加強投資與貿易往來與保障，進行農漁業合作，解決臺灣農產品在大陸的銷售問題，改善交流秩序，共同打擊犯罪，進而建立穩定的經濟合作機制，并促進恢復兩岸協商后優先討論兩岸共同市場問題。
2005年5月12日
中國共產黨總書記胡錦濤與親民黨主席宋楚瑜會談公報有關經貿交流內容：四、加強兩岸經貿交流，促進建立穩定的兩岸經貿合作機制。
兩岸合則兩利，分則兩害，通則雙贏。雙方愿促進加強推動兩岸經貿等實質性交流；在互惠合作、創造雙贏的基礎上，開展兩岸關系良性互動。
——積極推動兩岸通航。促進以二００五年春節包機成功的模式，實現客運包機節日化、常態化，并逐步推動貨運便捷化，逐步促成二００六年開始全面、直接、雙向通航。
——促進實現兩岸直接貿易和直接通匯，進一步實現兩岸經貿關系正常化。
——促進兩岸恢復協商后，就建立兩岸貿易便利和自由化（兩岸自由貿易區）等長期、穩定的相關機制問題進行磋商。
——加強兩岸農業合作，擴大臺商在農業領域的投資，增加臺灣農產品在大陸的銷售。大陸方面提供通關、檢驗、檢疫便利和部分農產品（水果）零關稅等優惠待遇，以協助解決臺灣水果豐收季節之滯銷問題。臺灣方面落實農產品（水果）的直接運輸。
——促進實現兩岸企業雙向直接投資。推動兩岸銀行、保險、證券、運輸、醫療等服務業的具體合作。促進兩岸展開全面經濟交流，進而建立穩定的經貿合作機制。
——促進兩岸在互惠互利基礎上商談解決保護臺商投資權益的問題；商談處理避免對臺商雙重征稅的問題。
——擴大兩岸民間交往，為兩岸人員往來提供便利。大陸方面進一步簡化臺灣同胞往來大陸的入出境手續。
——大陸方面盡快實施在大陸就讀的臺灣學生與大陸學生同等收費標準，并爭取于年內設立臺灣學生獎學 金。
——擴大兩岸人才交流。大陸方面逐步放寬政策，鼓勵和促進臺灣同胞在大陸就業。
六、推動建立“兩岸民間菁英論壇”及臺商服務機制。匯集兩岸專家學者及各界杰出青年之智慧與經驗，籌設“兩岸民間菁英論壇”，集思廣益，研討兩岸關系發展的各項政策性建議。雙方共同推動建立和完善為臺商服務的機制。
2005年5月23日
國家質量監督檢驗檢疫總局發布公告，允許產自臺灣地區進入大陸銷售的水果種類由原來的12種增加到18種。新增加的6種水果椰子、枇杷、梅、李、柿子和桃自即日起獲準進入大陸市場。
2005年6月27日
82位福建居民乘坐“閩珠一號”客輪從馬尾客運碼頭直航馬祖，標志著福建居民赴馬祖地區旅游的正式啟動。
2005年9月2日
民航總局有關主管部門批準臺灣4家航空公司飛越祖國大陸空域的申請。從9月5日零時起，允許臺灣的長榮、華航、立榮、華信航空公司飛往東南亞、歐洲的十一個航點、十三條定期客、貨運航班，沿祖國大陸目前對外開放的航路飛越大陸空域。民航總局主管部門已通知各相關部門做好了技術準備，并提供安全、優質、可靠的空管服務保障，以確保飛行安全。
2006年1月2日
1月20日至2月7日，兩岸12家航空公公司承運2006年春節包機，共運營了72個往返航班，運送旅客27276人次。2006年的春節包機比上年增加了廈門航點，而且乘客范圍擴大至其他往返兩岸持合法有效證件的臺灣居民，往返雙程載客。
2006年6月8日
福建省泉州石井港對臺客運碼頭開始啟用，開辟第二條對金門客運班輪航線。
2006年6月
兩岸實現客運包機節日化，并開辦緊急醫療救助包機和貨運專案包機。
2007年5月15日
福建與澎湖實現貨運直航。
2007年9月29日
福建省居民由馬祖直飛澎湖旅游。
2008年6月13日
海協會與臺灣海基會簽署了《海峽兩岸包機會談紀要》和《海峽兩岸關于大陸居民赴臺灣旅游協議》。
2008年9月4日
臺灣“行政院”實施“小三通正常化推動方案”，開放大陸游客利用“小三通”經金門、馬祖中轉到臺灣旅游。
2008年9月8日
國務院臺辦主任王毅宣布：自9月25日起，實施臺胞證號碼一人一號、終身不變，首批開放赴臺旅游的大陸居民，今后可以赴金馬澎旅游，并經金馬澎赴臺灣旅游。
2008年11月4日
海協會與臺海基會簽署了《海峽兩岸空運協議》、《海峽兩岸海運協議》和《海峽兩岸郵政協議》，此三項協議于12月14日正式生效。
2008年12月15日
兩岸空中直航、海上直航和直接通郵正式實施。空運新辟直達航路，海運無需繞經第三地。兩岸分別在上海、北京、天津、福建、江蘇及高雄、基隆、臺北、臺中等地舉辦儀式，隆重慶祝兩岸“三通”全面實現。
